日本外务省6日表示，日本外务省亚洲大洋洲局局长鲶博行已就此向韩国驻日大使馆次席公使提出抗议。同时，日本驻韩国大使馆总括公使实生泰介也向韩国外交部提出抗议。

另据韩联社报道，韩国政府7日就日本政府抗议韩国船只在韩日争议岛屿附近海域开展海洋调查一事表示，不接受日方的不当主张。

韩国外交部官员表示，“独岛”在历史、地理和国际法上均明确属于韩国固有领土，不能接受日方对韩国领土主权的任何主张。该官员说，韩方坚持无法接受日方对韩方依据国际法和国内法开展正当活动提出抗议的立场，并已通过外交渠道明确表达了立场。

久一网站日本共同社称，6日凌晨5点10分前后，日本第8管区海上保安总部(舞鹤)发现韩国调查船“HAEYANG 2000”将类似线缆的物体放入海中。海保判断疑为没有事先申请同意的海洋调查，海保的巡逻船通过无线电要求其停止调查。