2019年4月23日，云南省委在云南大学召开干部大会，方精云出任云南大学校长。作为云南省委省政府首位以聘任方式产生的云南大学校长，方精云被寄予厚望。根据云南省人民政府网站当时公布的任职通知，方精云任云南大学校长的聘期为五年，今年已经到期。

方精云在开展生态学基础研究的同时，也非常注重研究和解决国家需求与社会发展中的生态学问题，通过科技政策咨询、参与政府决策、学科建设等方式，在我国气候变化谈判、草原地区可持续发展、生态文明建设、以及科技评级体系建设、生态学科的建设和发展等方面开展了大量工作，先后向中央政府提交咨询报告七份，一些重要咨询和社会服务工作在学界和政界产生了重要影响。

云南大学官网在毕业典礼相关报道中也表示，方精云院士2019年4月任云南大学校长，与全校师生相伴五年。方精云院士担任校长以来，学校学科建设迈上新台阶，人才培养工作取得新成效，师资队伍建设广受瞩目，科学研究和社会服务实现新突破，治理体系进一步完善，办学条件和办学资源不断改善。校园环境清新洁净，成为了全体师生感到骄傲和自豪的最美校园。在大学核心使命上不断追求卓越，百年云大从内涵到外延都发生了显著、深刻的变化，学校发展迈入了一个新的辉煌时期。特别是习近平总书记致信祝贺学校建校100周年，为学校高质量发展指明了方向，注入了强大动力。

另外值得一提的是，今年6月20日，云南大学2024年毕业典礼暨学位授予仪式在呈贡校区隆重举行。方精云出席了毕业典礼并致辞。

在致辞中，方精云回顾了5年聘期中的点点滴滴，回顾了与大家共同奋斗的无数个日日夜夜。他说，和同学们一道，成为了一名“云大毕业生”，对大家充满感激和不舍，深深地爱上了云大。他向全体毕业生致以热烈的祝贺。向悉心教导的老师、辛勤养育的家长，以及关心帮助同学们的师生员工、校友和社会各界人士，表示诚挚的问候和衷心的感谢。他说，看到同学们顺利成长成才，是我作为校长感到最欣慰、最自豪的事情。

学术方面，方精云长期从事全球变化生态学、植被生态学与生物多样性，以及生态遥感等方面的研究工作，取得了一系列突出成果，先后发表论著420余篇，国际论文250余篇。其中，在Science、Nature和PNAS发表论文17篇，国内外引用超过3.5万次。

据云报客户端此前公布的简历，出生于1959年的方精云是安徽怀宁人，1982年毕业于安徽农业大学，1989年获日本大阪市立大学博士学位，2005年当选为中国科学院院士。

文章还提到，毕业典礼上，云南大学现任党委副书记、常务副校长（正厅长级）马文会以“牢记嘱托 自信自强 在推进强国建设民族复兴伟业中挺膺担当”为题致辞。马文会在致辞中对方精云院士任校长期间的工作给予高度评价。他说，5年来，方校长用心用情用力，倾注心血，为云南大学的建设发展作出了重要贡献，用自己的实际行动诠释了作为新时代教育家、科学家的高尚风范，给我们树立了学习的榜样。

华体会体育手机版6月25日，澎湃新闻记者查询发现，云南大学官网“现任领导”栏目更新信息显示，校长方精云已不再列入其中，显示其已不再担任云南大学校长职务。

2019年8月，方精云还曾获得第104届美国生态学会颁发的2019年度“惠特克杰出生态学家奖”（the Whittaker Distinguished Ecologist Award）。