当时管理学院在学科完善、大楼建设、师资汇集、资金筹措等方面百废待兴，翁君奕就从早到晚呆在学院，寒假报课题，暑假研究课题，开学期间操心学院的日常事务。在学科建设方面，当时学院所含学科中，除了会计学科较其他兄弟高校相对前沿，其他学科的发展潜力都有待开发。翁君奕就带领和鼓励一批骨干老师，自己申报博士点和国家一级重点学科，自发地一点点输入完善数据库信息。

据厦门大学新闻网报道，翁君奕曾两次到美国康乃尔大学经济系从事研究，主要从事组织管理和技术创新过程中多元目标激励引起的利益冲突及其解决方案等领域的研究。出版专著和教材5部，发表学术论文40余篇，主持国家自然科学基金课题2项、国家社会科学基金课题1项及国家教委课题2项。曾获孙治方经济科学著作奖，国家社会科学优秀成果奖等。

而面对院里最重要的工作之一——人才队伍建设，翁君奕也秉承并落实着自己的人才理念：学生是服务的对象，老师是基本的依靠力量。翁君奕鼓励教师们在与学生保持深厚友谊的同时，更着力对学生进行正确的引导，培养他们深度思考、善于创新的学习习惯，以面对越来越显著的碎片化时代。为了营造识才爱才敬才用才的环境，翁君奕更着力聚焦校风院风的建设：他打破人情关系，塑造全新的学院建设风气；他召集师生们共同商讨EMBA的初创难题，集思广益，不断探索解决问题的路径和方法……管理学院师资遴选和评价体系的完善、教学管理服务体系的完善、厦门大学EMBA品牌的建立上，都留下了翁君奕铸路的足迹。

J9九游会首页入口据厦门大学管理学院发布的讣告，中共党员、厦门大学社会科学学部原主任、管理学院原院长翁君奕教授于 2024年9月12日上午11时08分辞世，享年70岁。

消息还称，作为管理学院院长，翁君奕更为管理学院的发展与学科建设作出了重要贡献。如今，厦门大学管理学院已经发展成为中国最具竞争力的十大商学院之一，工商管理学科在153所上榜高校中位列全国第三，成为获评全国排名前3%的“中国顶尖学科”。其中，不乏翁君奕为学科建设奉献的点滴心血。