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事实上，中国管理科学研究院及其学术委员会近年来已多次在争议事件中露面。该院被形容为“一边寻找挂靠的上级主管单位、一边构建下属二级机构、一边内斗”， 另一边，盖有中国管理科学研究院学术委员会印章的证书，进入市场流通环节。

《中国经营报》报道《一个国家级事业单位的8年停顿与乱战》称，中国管理科学研究院曾宣称拥有92个二级分支机构（研究所、研究中心），但受访者中，没有人知道确切的名单和数量。现在，经过漫长混战，这些二级机构不仅归属不明，且也在积极发展下级单位，还牵出难以计数的纠纷和诉讼，其中不乏金额上亿元的集资案。也有二级机构可以提供多达400种资格证书，最快几小时就能出证，收费仅在600元~1000元。

2021年7月通告称，经查，以事业单位名义对外开展活动的“中国管理科学研究院非遗保护研究中心”、“非遗保护研究中心”等组织，未经机构编制部门审批和登记。

6月23日，国家事业单位登记管理局发布通告称，经查，中国旅游文化资源开发促进会举办的中国管理科学研究院存在不按照登记事项开展活动，滥设下属机构，肆意扩大业务范围，以牟利为目的对社会大肆销售职业技能培训证书，以及大肆招揽各类“特聘专家”、“院士专家”、“客座教授”，违规向企业颁发“中国”字头荣誉证书、建立“中国”字头基地、主办“中国”字头论坛会议，违规使用带“中国”字头机构对外宣传报道和进行虚假宣传等行为，严重损害事业单位形象，严重偏离公益属性，严重侵害人民群众权益，严重影响社会秩序稳定，依据《事业单位登记管理暂行条例实施细则》第七十条规定，决定对中国管理科学研究院撤销登记并收缴《事业单位法人证书》及单位印章。

冠博电子竞技官网中字头的中国管理科学研究院被批滥设下属机构、大肆销售培训证书等，已被撤销登记并收缴《事业单位法人证书》及单位印章。近年来，该机构已多次引发争议，例如，“熟蛋返生”一文的作者郭萍就曾顶着“中国管理科学研究院学术委员会心脑教育研究中心副主任”的身份。

2019年5月通告称，经查，中国管理科学研究院存在未按规定申请住所变更登记行为，依据《事业单位登记管理暂行条例实施细则》第七十条规定，决定对该院作出书面警告并通报其举办单位的行政处罚。 

当时，该公司给新华社记者发来了中国管理科学研究院学术委员会于2019年4月出具的一份“合作证明”，上边盖着中国管理科学研究院学术委员会的公章，称中国管理科学研究院学术委员会专业人才技能培训中心与该公司合作开展专业人才岗位技能项目，统一颁发“专业人才技能证书”。记者当时从有关部门了解到，目前全国多地出现以中国管理科学研究院下属机构名义卖证书、奖状现象，涉案人员众多。

2022年1月通告称，近期，“中国管理科学研究院非遗保护研究中心”以事业单位名义，通过与有关单位联合主办中国非遗春节联欢晚会等形式对外开展活动。经查，该中心未经机构编制部门审批和登记。 

半月谈报道提到，网上一家所谓的培训机构称，“风水师证”不用考试，也不用培训，只要给出个人信息，20天左右就能寄到，每本费用860元，发证单位是“中国管理科学研究院职业人才技能认证中心”；另一家所谓的培训机构则称，可以不用考试就办理全国职业信用评价网颁发的碳减排领域人才的证书，每张500元。

而在2021年4月，论文《熟鸡蛋变成生鸡蛋（鸡蛋返生）-孵化雏鸡的实验报告》在舆论场上投下了一枚震撼弹。该文的第一作者郭萍拥有多个头衔，其中就包括“中国管理科学研究院学术委员会心脑教育研究中心副主任”。

2019年6月，新华社报道《花上千元就能买到“全国”“中”字头证书和奖状，谁是“神秘”卖家？》明确提到，有人在网络大量销售“中”字头的“全国大赛”奖状、职业技能证书，且多涉及一家单位，即中国管理科学研究院。其中，一家公司工作人员发来的样证上盖有两个公章，分别为“中国管理科学研究院学术委员会”和“专业人才技能培训中心”，工作人员称是“今天刚刚收到的中国管理科学研究院专业人才技能证书”。

当时，新华社记者向卢继传求证网络买卖的“专业人才技能证书”的问题。他表示，中国管理科学研究院学术委员会以自己名义合作开展职业技能培训，这个确实存在，证书上的章也是学术委员会的章。不过，深圳这家公司把证书拿到市场流通，这是不对的。中国管理科学研究院学术委员会与其有协议，但他们没有严格按照协议来办。该学术委员会在程序把关上有问题，具体的培训范围和收费标准都没有到中管院进行备案。项目已经全部叫停，正在进行检查。

澎湃新闻注意到，就在今年4月，国家事业单位登记管理局已点名：经查，中国旅游文化资源开发促进会举办的城乡小康发展促进中心存在不按照登记事项开展活动，违规设立、使用带有“全国”、“国际”和“中国”等字样机构对外开展工作，未按规定及时申请变更登记住所，以“人力资源社会劳动就业培训中心”名义对社会大肆发放多种技能证书牟利，涉及彩票项目合同诈骗，在网站对外虚假宣传，地方分中心及其所办企业违法违规问题频发等行为，严重偏离公益属性，侵害人民群众权益，影响社会秩序稳定，依据《事业单位登记管理暂行条例实施细则》第七十条规定，决定对城乡小康发展促进中心撤销登记并收缴《事业单位法人证书》及单位印章。城乡小康发展促进中心不得再以事业单位名义开展任何活动。

中国管理科学研究院学术委员会，对外宣传为中国管理科学研究院最高学术指导机构。当时，心脑教育研究中心一名工作人员受访时表示，郭萍是挂名的，他们是合作关系。

报道中，中国管理科学研究院常务副院长卢继传说，该院是自收自支的国家事业单位，下属多个研究所（中心）收入主要靠咨询培训。他表示，近年来，有个别内部研究所（中心）搞歪门邪道，靠卖牌子、卖证书敛财，但也有机构冒充中国管理科学研究院名义行骗，目前收到群众举报的有10家左右。

该报道中，中国管理科学研究院职业教育研究院常务副院长秦雅君当时解释称，单位内部正加强整改，梳理那些乱发证的二级单位，颁发“风水师证”的“中国管理科学研究院职业人才技能认证中心”就是不合规的二级单位。