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李恭忠的主要研究领域为中国近现代政治文化史、秘密社会史、中国海洋史。承担过的科研项目包括：“现代中国公共记忆与民族认同”（国家社科基金重大项目，子课题负责人）、“清史·教门会党志·会党篇”审改（国家清史编纂委员会委托项目）、“底层视角下的中国社会史研究”（南京大学光华人文基金项目）、 “中国海权观念的近代调适”（国家社科基金青年项目）、“倭寇记忆与明清时期海权观念的演进”（住友财团日本关联研究基金项目）。

李恭忠曾任韩国高丽大学历史系客座教授、韩国KFAS财团ISEF访问学者、台湾大学人文社会高等研究院访问副研究员、澳大利亚La Trobe大学访问学者。

2014年12月，南京大学学衡跨学科研究中心正式成立，刊行《新学衡》，提出了“全球本土化”的命题。2016年4月，南京大学学衡跨学科研究中心更名为“南京大学学衡研究院”。

公开资料显示，李恭忠，男，汉族，1974年生，江西遂川人，现任南京大学历史系、南京大学民间社会研究中心副教授，主要从事中国近现代史研究。李恭忠1996年本科毕业于北京师范大学历史系，1999年硕士毕业于北京大学历史系，2002年博士毕业于南京大学历史系并留校任教，2008年底受聘为副教授，后晋升教授。

据南京大学官网介绍，《学衡》杂志是1922年由国立东南大学（南京大学前身）的梅光迪、吴宓、胡先骕、刘伯明、柳诒徵等七人在南京创刊的一本杂志，这本杂志的创刊还标志学衡派的诞生。《学衡》的宗旨是“论究学术，阐求真理，昌明国粹，融化新知。以中正之眼光，行批判之职事，无偏无党，不激不随”。

用户认证系统登录入口近日，澎湃新闻记者查询发现，南京大学学衡研究院官网“机构设置”栏目更新信息显示，李恭忠已经担任南京大学学衡研究院院长一职，原任院长孙江转任名誉院长。