通关方面，《行动方案》指出，要加强深港通关保障协同。依托智能客流分析系统和口岸联勤联动机制、深港联席会议机制，设置旅客等待超时提醒，协调深港双方根据客流实际情况及时加开查验通道，进一步便利港澳与内地居民出入境。在具备条件的口岸设置“无行李通道”或“小件行李通道”，动态优化通关流程和通关流线，减少旅客排队等候时间。

立博网站中文版根据《行动方案》，深圳将深化口岸“净、畅、宁、美”专项行动，优化口岸出入境通行标识指引，更新口岸现场旅客及车辆查验场地通道电子显示屏，为旅客提供干净、顺畅、安宁、美丽的整体通关环境。同时，有序推进深圳陆路口岸功能完善及安全隐患整治一期工程，推动口岸查验基础设施设备升级改造，完成深圳湾口岸、莲塘口岸查验台新建及改造项目，便利外贸企业更加顺畅通关。此外，优化跨境直通巴士上下客停靠点，增设口岸周边出租车接驳站和网约车统一停靠点，采取增设专用道等措施保障公交优先通行，进一步便利旅客通行。