清口枢纽则是大运河上另一个极具科技含量的枢纽工程。明清时，运河、黄河、淮河在淮安交汇。黄河水位高，极易倒灌入淮河、运河，致使河道淤塞。轻则不利航运，重则导致水患频发。为了处理三河交汇的治理和通运问题，就兴建了大型的清口水利枢纽。

古老的工程闪耀着大运河水工智慧的光芒。伴着河水的流淌，人与自然的对话也一直继续，凝结成新的智慧结晶，坐落在淮安的亚洲最大水上立交工程就是一个代表。在这里，淮河与运河各行其道，互不影响。通过上方建运河渡槽、下方建泄水涵洞的交错方式，实现了淮河和京杭运河垂直的立体交叉。大运河在上面不影响航运，淮河入海道在下面不影响泄洪。

南旺枢纽位于大运河的制高点，因而被称为“运河水脊”。如何让水往高处流，是大运河跨越制高点从而实现全线贯通必须解决的一个难题。

“这里边最大的一个功臣是潘季驯。在过去治河，要么将水分流，要么拓宽河道，但是潘季驯却反其道而行之。他收紧河道，他要利用水的冲力将泥沙带走。” 张谨形象地解释道，“洪泽湖其实相当于‘壶’，壶嘴很重要。几个壶嘴一块冲，洪泽湖的清水被举高，然后冲到运河里边，把水收束起来去攻击沙子，蓄清刷黄、束水攻沙这事就干成了。”

心博骤停“大运河之所以申遗成功，很大程度上归功于两个水利工程的科技智慧：北南旺和南清口。一个被称作‘运河水脊’，另一个被称作是‘运河咽喉’。” 国家文物局专家库成员、大运河申遗文本总负责人张谨这样说。

“这是两千年的古代工程和现代工程的握手。”中国文物学会会长、故宫博物院学术委员会主任单霁翔认为，这也体现出大运河是一个有生命历程的河。“它不是冻结的一个时代，它是各个时代，一直到我们当代、到我们现代，不断在完善。”

南旺枢纽的建成对于明清时期的经济繁荣起到了非常大的作用。“戴村坝和南旺枢纽一起保障了此后500多年的漕运畅通，大运河的运力因此提高了10倍。”