此次试掘目标是从垂直方向解剖了解古船整体结构，与此同时，考古团队还将通过科技考古分析研究，利用沉积学、动植物考古学、分子考古学、年代学等手段，解读出长江口二号古船包含的航线、沉没环境、船上生活环境等看得见、看不见的历史信息。

2022年11月21日，在国家文物局指导下，上海市文物局组织各方力量采用“弧形梁非接触文物整体迁移技术”成功将古船整体打捞出水，并迁移至上海船厂旧址1号船坞存放，长江口二号古船项目转入考古和现场文物保护阶段。

根据已知的考古勘探，长江口二号古船为一艘清代同治时期木质帆船，是继35年前发现的广东宋代“南海一号”沉船之后，中国水下考古又一里程碑式的重大发现。该沉船是目前国内乃至世界上发现体量最大、保存最为完整、预计船载文物数量巨大的古代木质沉船之一，是弥足珍贵的文化遗产，具有重要的历史、科学和艺术价值。

新京澳门上海市文物保护研究中心副主任翟杨透露，长江口二号古船考古发掘区位于古船南端，即靠近黄浦江一侧，因为探测发现有舵叶，初步估计为船的尾部。此次试掘布设4个探方，面积约为124平方米，深度约为3米，整个沉箱的深度约为7米。试掘将以探方、船舱为基本工作单位，船体内外同时向下发掘。

“北馆”将主要承担“长江文化”、中国与世界考古文化的展览与弘扬工作；承担“长江口二号”古船及出水文物的保护、展览与研究工作；承担上海市文物调查、发掘、保护、展览、宣传和研究等工作；同时打造国家级智能化水下考古技术装备实验室和国家重点地区考古标本库房。未来，公众将有望透过安装玻璃的保护措施看到考古发掘的现场工作。“北馆”在满足大型出水木质古船文物保护和长期考古发掘要求的同时，为公众提供一个从考古视角感知中华文化、探索考古魅力的体验空间，一个了解世界考古的窗口。

试掘计划的启动标志着长江口二号古船项目已进入了新阶段，上海博物馆馆长褚晓波透露，根据上海博物馆“大博物馆计划”中的“一体三馆”的规划，将在长江口二号古船考古站的基础上打造一座具有世界影响力的古船与考古博物馆，也是全球一流的水下考古研究中心——“上海博物馆北馆”。项目初步选址杨树浦路640号上海船厂旧址内，地块北至建设中的天章路，南临黄浦江。场地内除了有目前考古大棚所在的1号船坞，还有船厂的2号船坞和毛麻仓库等历史建筑。

古船保存现场设计建造了总建筑面积3671.17平方米的专用考古工作站。配置了覆盖长江口二号古船整体环境的多功能水下文物实验室考古系统，主要包括可开合智能保护舱、综合考古发掘平台、文物保护实验室三大模块，是目前国内最先进、体量最大的智能化考古专用工作站，填补了我国超大型水下文物实验室考古领域的空白。

记者在现场看到，在长江口二号古船沉箱上部建立了古船临时保护舱，舱内的古船被淤泥与贝壳包裹。保护舱舱体内部集成了环境及文物本体监测、通风及温度控制、水处理及水温控制、环境及土壤湿度控制等设施设备，对古船形成实时、完整的环境监测与调控闭环。上海博物馆对古船进行常态化保湿处理，开展了船体生物病害防治工作，实施了船体防腐防霉、除苔抑苔等文物保护措施，对部分出水铁器、陶瓷器、纺织品、木质文物的病害及其保存状况进行分析评估。据透露，已经发现的一些铁质配件等已经能找到相匹配的最初位置。