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为确保台风过后旅客顺利通关，上海边检总站上海机场边检站科学组织勤务，备足现场执勤警力。同时，加强与机场、航司等联系，预判口岸客流，提前开足查验通道，开设特别通道，为台风天气滞留和晚到旅客提供服务保障。上海边检总站虹桥边检站派出“虹星”青年突击队队员，主动为过境转机旅客和老、弱、病、残、孕行动不便旅客提供人性化通关服务，全力保障旅客通关顺畅有序。

据上海边检统计，自16日中午台风“贝碧嘉”离沪，截至9月17日10时，上海边检机关在浦东、虹桥两大国际机场口岸共查验出入境旅客9.1万余人次，出入境航班557架次，空港口岸航班运行基本恢复正常。

台风过境后船舶进港有着“短时间、大密度”的特点，上海边检总站洋山边检站加强与港区、代理和船方联系并结合船舶自动识别系统，准确掌握船舶进港时间。同时，对进港船舶进行梳理，区分不同情形，将现场值守警力进行分组，采取窗口查验和移动查验车结合的模式，提高查验效率，保障口岸快速恢复正常运营。除小洋山岛口岸外，外高桥、吴淞、金山、崇明等海港口岸通关作业也在陆续恢复。自16日中午台风“贝碧嘉”离沪，截至9月17日10时，上海边检机关在上海各海港口岸累计共查验出入境（港）船舶51艘次。

365平台9月17日，澎湃新闻记者从上海边检获悉，9月16日12时许，随着台风“贝碧嘉”中心逐渐远离上海，上海浦东、虹桥两大国际机场口岸部分进出港国际(地区)航班逐步恢复起降，小洋山岛等海港口岸、吴淞口国际邮轮港也迎来了国际航行船舶陆续进港。为全力护航台风过后出入境有序恢复，上海边检机关迅速启动应急预案，部署警力24小时坚守岗位，全力维护口岸安全，服务旅客快速通关，保障港口有序开工作业。

为有效应对台风直击、三船同靠大客流及中秋节假日三重因素的叠加影响，上海边检总站浦江边检站根据每艘邮轮不同的入出境计划制定“一船一策”，部署充足警力，快速为入境旅客办理检查手续，确保整个通关过程高效顺畅。

9月16日13时43分，随着台风“贝碧嘉”影响逐渐减弱，IJ005D 航班缓缓抵靠浦东国际机场T2航站楼，机上108名旅客有序走出梯口，该航班成为台风“贝碧嘉”过境上海后浦东机场首架入境的国际航班。当日15时许，虹桥国际机场口岸部分进出港国际(地区)航班逐步恢复起降。

随着台风的逐渐远离，小洋山岛口岸各码头也逐步具备了生产作业条件，16日15时，东海大桥开始清理路面，20时东海大桥恢复车辆双向通行，21时30分洋山港恢复进提箱作业。20时30分，随着中国香港籍“中海火星”轮等五艘船舶开始接续进港，安全靠泊洋山一、三、四期码头，口岸陆续迎来船舶靠港高峰。

澎湃新闻记者另从上海边检机关了解到，原计划于15日、16日回靠的海洋光谱号、爱达・魔都号和鼓浪屿号三艘邮轮，也于17日同时返回上海吴淞口国际邮轮港。