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2018年11月，海南省水务厅作出《关于文昌市石壁河河道整治工程初步设计报告的批复》（琼水规计〔2018〕514号），同意文昌市开展石壁河河道整治。2019年4月至2021年7月，文昌市水务局在文昌市石壁河河道整治工程建设过程中，未依法取得海域使用权，非法占用海域10.03亩实施道路、船舶停靠点和人工护岸等建设，用海方式为非透水构筑物，并形成事实围海，全部位于2018年海南省海洋生态保护红线-冯家湾重要砂质岸线及邻近海域和2022年海南省（本岛）海洋生态保护红线-冯家湾重要滩涂及浅海内，违法占用自然岸线1060.5米。督察指出问题后，文昌市综合行政执法局对该违法行为立案调查，文昌市自然资源和规划局督促用海单位开展用海手续和岸线修复等前期工作。

2024年国家自然资源督察机构聚焦耕地保护和生态保护两条主线，开展土地、矿产、林草、海洋等自然资源和国土空间规划一体化全面督察。督察发现，国发〔2018〕24号文件印发后，一些地方政府落实严格管控新增围填海、严守生态保护红线主体责任不到位，新增违法违规填海、违法违规用海侵占生态保护红线、破坏红树林和自然岸线等问题仍时有发生，对滨海湿地、海洋生态造成破坏。

滨海湿地是珍贵的湿地资源，具有重要的生态功能。加强滨海湿地保护，严格管控围填海活动，有利于严守生态保护红线，改善海洋生态环境，维护国家生态安全。《国务院关于加强滨海湿地保护严格管控围填海的通知》（国发〔2018〕24号）要求严控新增围填海造地，严守生态保护红线，加强滨海湿地保护，明确各沿海省（自治区、直辖市）是加强滨海湿地保护、严格管控围填海的责任主体，政府主要负责人是本行政区域第一责任人。

自然资源部要求，各地要完整准确全面贯彻新发展理念，统筹处理好高质量发展和高水平保护的关系，坚定不移守住耕地保护和生态保护红线、法律和政策底线。一要深刻汲取教训，依法加快问题查处整改，确保对人对事整改查处到位，整改查处要依法依规、实事求是，严防简单化、“一刀切”。二要进一步落实地方党委政府生态保护和耕地保护主体责任及部门监管责任、共同责任，健全完善常态长效监管机制。三要落实早发现、早制止、严查处，以“长牙齿”硬措施及时查处整改自然资源领域违法违规问题，加强全链条监管，守牢底线红线，以实际行动和工作成效拥护“两个确立”、做到“两个维护”。

莆田市秀屿区交通投资集团有限公司在未依法取得海域使用权的情况下，于2023年8月至10月期间在莆田市秀屿区东峤镇铁炉村附近海域违法违规填海3.09亩，建设钢筋加工厂房一座用于G228国道建设时所需钢筋的加工。截至2024年督察时，该项目违法状态持续存在，违法行为未被立案查处。

乐动圈圈8月21日，自然资源部通报2024年国家自然资源督察发现的80个违法违规重大典型问题，其中3个涉及违法违规用海破坏生态问题，分别为福建省莆田市秀屿区交通投资集团有限公司违法违规填海建设厂房问题，广东省湛江市麻章区湖光镇金兴村村民清理重建养殖池塘破坏红树林问题和海南省文昌市石壁河河道整治工程违法违规用海侵占生态保护红线，破坏自然岸线问题。

国家自然资源督察机构将持续跟踪督促通报问题的整改，对边改边犯、拖延整改或整改不实、弄虚作假应付整改的，将按照与纪检监察监督贯通协调工作机制要求移交移送。

文昌市人民政府落实严守生态保护红线、自然岸线保护和管控的主体责任不到位。文昌市水务局非法占用海域实施构筑物用海，侵占生态保护红线、破坏自然岸线。文昌市自然资源和规划局、文昌市综合行政执法局落实监管和执法责任不到位，未及时发现、制止和查处侵占生态保护红线违法违规用海行为，未对破坏自然岸线行为进行有效监管、及时组织修复。

湛江市、麻章区政府落实严守生态保护红线、红树林保护的主体责任不到位。湛江市、麻章区林业主管部门落实森林资源保护监管责任不到位，未依法查处破坏红树林资源行为。保护区管理机构落实日常监管责任不到位，未有效保护自然保护区内的自然环境和自然资源。湛江市、麻章区农业农村主管部门落实养殖活动监管责任不到位，未有效落实养殖水域滩涂规划的功能定位和相关管制措施。湛江市、麻章区自然资源（海洋）主管部门落实生态保护红线和红树林保护监管责任不到位，未有效监督实施生态红线刚性约束作用，未采取有效措施保护红树林。

2022年6月，湛江市麻章区湖光镇金兴村村民在养殖池塘清理重建过程中，损毁塘内红树林，涉及“三调”红树林图斑面积34.22亩，全部位于2017年广东省人民政府批复的海洋生态保护红线和2022年广东省“三区三线”划定成果中的生态保护红线内，其中4.39亩位于广东湛江红树林国家级自然保护区。2023年1月至3月期间，广东湛江红树林国家级自然保护区管理局督促当事人进行红树林异地补种，面积7.02亩。截至2024年督察时，受损的红树林尚未完全修复到位，也未依法对破坏红树林行为实施处罚。